Nos situamos en Berlín, durante la Segunda Guerra Mundial. Bruno es un chico de 8 años hijo de un alto cargo militar del gobierno Nazi.
Un día en el que él llegó a casa y vio ala criada hacer su equipaje, él fue a preguntarle a su madre sobre lo ocurrido y ella le dice que se van a tener que ir de su casa a otro lugar un poco lejano por razones de trabajo de su padre. Él se queda desconcertado porque tiene que dejar atrás la ciudad, su casa, sus amigos, su colegio... y el no quiere irse, pero al final accede.
Cuando Bruno ve por primera vez su casa nueva, se quedó sorprendido, no era nada igual que su casa de Berlín, primera porque esta estaba situada en el medio del campo y la de Berlín se encontraba en una calle donde habían cafeterías donde la gente comía, tampoco se parecía a su casa de Berlín porque esta es mucho más pequeña (la de Berlín tenía cinco pisos y esta solo dos). Cuando Bruno entra dentro de la casa le parece que es muy fría, no le gusta nada. Ve a su madre en la cocina y le dice que si podían al día siguiente volver a su casa de Berlín, pero ella no acepta.
En su habitación descubre una ventana por la que se puede ver a unas personas vestidas con unos pijamas de rayas, las cuales estaban en un terreno árido (nada que ver con el bosque) , Bruno va a la habitación de su hermana(Gretel) y le dice que vaya a verlo.
Cuando su hermana ve lo que le dice su hermano, ninguno de los dos sabían que era ese sitio, solo se ve humo al fondo, varios bloques cuadrados y la gente con los pijamas y las gorras haciendo lo que les ordenaban los soldados, después Gretel se va a su habitación y se queda pensando encima de la cama.
Por la tarde/noche Bruno va a ver a su padre y ve que esta hablando con otros militares, cuando acaban y se van, Bruno entra a hablar con su padre y a padre su padre le pregunta a él por su nueva casa y Bruno le dice que no le gusta nada después, Bruno le pregunta a su padre que quien son las personas de la alambrada y él le contesta que para ellos no eran personas que no se preocupara.
Semanas después, durante una mañana en la que ni el padre ni la madre de Bruno estaban en casa, a Bruno, se le ocurrió la idea de hacer un columpio para entretenerse. Salió fuera y vio a su hermana y al teniente Kotler hablando (que iba con ropa normal) Bruno se acercó a él y le pregunto si tenia una rueda de sobra, después vio pasar a Pavel (el camarero que iba con el pijama del campo) y el teniente le ordenó que fuera al trastero a darle una rueda a Bruno. Él se la dio y Bruno empezó a atarla en las ramas del árbol, pero, al cabo de un rato, mientras se columpiaba se resbaló y se cayó al suelo. Se mareó, pero pudo distinguir la figura de Pavel viniendo hacia él, lo cogió en brazos y lo llevó dentro de la casa, donde le curó la herida y tuvieron una conversación. En unos minutos llegó su madre y le pregunto que le había pasado, Bruno se lo dijo y después le ordenó que subiera a su habitación, pero en lo que subía, Bruno oyó como su madre le decía a Pavel gracias y que si le preguntaba el teniente dijera que le había curado ella, eso a Bruno no le pareció bien.
En el libro también nos narra que la abuela odiaba el oficio de padre de Bruno, ella decía que verle con ese uniforme le daban ganas de vomitar.
Una vez, cuando Bruno estaba en su habitación le entró curiosidad por bajar al banco que había debajo de su casa, bajó y vio una puerta que daba al otro lugar de la alambrada, él decidió ir para ver como era la alambrada. Subió y paso al otro lado, empezó a caminar y al cabo de un rato vio a una silueta que parecía la de un niño, se fue acercando hasta que al final se puso delante de él para presentarse, ese niño se llamaba Shmuel empezaron una conversación en la que intercambiaron información sobre sus países y sus culturas.
Otro día, Bruno volvió a ir al lugar en el que se encontraba Shmuel y empezaron a hablar de como fue las experiencias de ambos al mudarse (claramente no era la misma la de Shmuel que la de Bruno) después de conversar, quedaron en verse mañana a la misma hora.
Una noche el teniente Kotler cenó con la familia, un tema de conversación que surgió fue que el padre del teniente se fue de Alemania y desde entonces el teniente perdió el contacto con él, pero mientras hablaban sobre esto el teniente se puso nervioso y cuando Pavel fue a servirle vino, se le cayó encima del regazo del teniente y se lo llevó a otra sala para darle una paliza.
Se acercaba el cumpleaños del padre de Bruno y su madre le organizó una fiesta sorpresa, cuando Bruno pasaba por la cocina vio que estaba Shmuel y él le dijo que le habían traído para que limpiara unas copas, Bruno le ofreció pollo y él al final lo aceptó, cuando al cabo de un poco llegó el teniente y le dijo si había comido, Shmuel dijo que se lo había dado Bruno, pero él lo negó (mintiendo). Después de esto Bruno fue a la zona de la alambrada donde se solían reunir pero no apareció hasta dentro de una semana, cuando se encontraron Bruno le pidió disculpas y el al final las aceptó.
Una vez que Bruno fue a la habitación de Gretel a hablar con ella se dio cuenta de que tenía piojos, y les tuvieron que lavar el pelo con un champú y después a Bruno se lo raparon, cuando se encontró con Shmuel se dio cuenta de que se parecían mucho.
Un día el padre llamó a Bruno y a Gretel y les dijo que si estaban a gusto aquí, les contestaron que no y al final decidieron que la siguiente semana Bruno, Gretel y su madre volverían a su casa de Berlín.
Cuando Bruno se vuelve a encontrar con Shmuel le comunica la noticia y Shmuel le dice que no encuentra a su padre, al final quedan que al día siguiente Shmuel le conseguría un pijama de rayas para así que se pudiera colar y buscar juntos a su padre para despedirse.
Al día siguiente llovía mucho pero a pesar de eso Bruno se fue hacia la alambrada, cuando llegó se reunió con Shmuel y se puso el pijama, se adentraron y Bruno vio que allí dentro las cosas no eran como se esperaba. No encontraron al padre de Shmuel pero sonó un pito y se agruparon todos, los metieron dentro de una sala o cura (cámara de gas), y allí fue cuando Bruno, Shmuel y todos lo presentes fallecieron.
Cuando sus padres vieron que no volvía, llamaron a los guardias, pusieron carteles con su foto por los pueblos cercanos, pero no apareció, y nunca apareció, La familia se desmoronó y al final a su padre se lo llevaron los soldados.
